Organik gübre ve biyo-organik gübre için hammadde seçimi çeşitli hayvan gübresi ve organik atık olabilir.Temel üretim formülü farklı tür ve hammaddelere göre değişiklik gösterir;temel hammaddeler şunlardır: tavuk gübresi, ördek gübresi, kaz gübresi, domuz gübresi, Sığır ve koyun gübresi, mahsul samanı, şeker sanayi filtre çamuru, küspe, şeker pancarı artığı, damıtma taneleri, ilaç artığı, furfural artığı, mantar artığı, fasulye kek, pamuk tohumu keki, kolza tohumu keki, ot kömürü vb.